Coulson ed il team si ritrovano a fronteggiare più volte l'organizzazione Hydra ed i suoi segreti nel corso di questa seconda stagione. Una volta recuperata Raina, questa spiega a Skye che in passato i Kree crearono l'Obelisco per gli umani forti abbastanza per diventare qualcosa di più e che loro fanno parte dei prescelti. Poco dopo la narrazione, le due vengono catturate dall' Hydra che ordina ad alcuni uomini di fare fuoco sullo Shield. Dopo aver scoperto una città aliena, lo shield riesce ad eliminare il malvagio villain del posto, WhiteHall. Dopo di lui, ad ogni modo, sorgono nuove minacce, tra cui: il padre di Skye, Cal, un'alleaza formata dall' ex agente dello Shield Ward e l'agente 33, l'enigmatica Raina e Skye che ha sviluppato nuovi poteri dall'Obelisco ma la cui mancanza di esperienza con le nuove abilità potrebbe danneggiare coloro che le stanno intorno.
Nel frattempo Cal mette insieme un team di super Villains per distruggere lo S.H.I.E.L.D. La guerra è alle porte e Skye fatica ancora a controllare i suoi nuovi poteri, ma ben presto riuscirà a gestirli con l'aiuto di un inumano, chiamato Lincoln. In seguito, Coulson e May entrano a far parte di una squadra speciale dello S.H.I.E.L.D incaricata della cattura di una donna, chiamata Eva Belyakov, dotata di una forza incredibile che riuscirà a catturarli e chiuderli in una struttura in cui dei civili erano sottoposti a controlli mentali. A seguito di ciò si scopre che in realtà la vera responsabile fosse la figlia di Eva, Katya. Dopo aver cercato di fermarla May si trova costretta ad ucciderla. (un'azione che la influenzerà notevolmente). In seguito, Gonzales e Coulson cercano di trovare un modo per lavorare insieme, anche se ciò li porterà a collaborare con qualcuno di cui non si fidano.
