Nella medicina i batteri sono sempre stati considerati come nemici da distruggere attraverso i farmaci, soprattutto da quando sono stati scoperti gli antibiotici. Negli ultimi anni però si è cominciato a prendere in considerazione una strada alternativa per la cura delle malattie: studiare i batteri presenti nel nostro organismo per capire come usarli a vantaggio della medicina, effettuando cioè una mappatura dei batteri e microorganismi che "abitano" nel nostro corpo e che costituiscono il nostro microbioma. Questi microorganismi che ospitiamo sono migliaia di miliardi, risiedono ad esempio nella bocca e nell'apparato digerente e da soli costituiscono il 3% della massa del corpo.
La ricerca sul microbioma è stata resa possibile grazie alle nuove tecnologie informatiche che hanno permesso il sequenziamento del DNA e dunque la mappatura del genoma umano: in questo modo i batteri sono sottoposti ad esami sofisticati e si può capire quali sono, quali parti dell'organismo colonizzano e quanto possono influenzare la nostra salute.
Tale ricerca si è concretizzata nel progetto microbioma umano, un programma simile a quello realizzato per la mappatura del genoma istituito nel 2007 dai National Institute statunitensi con lo scopo di studiare le caratteristiche dei batteri nel corpo umano e il ruolo che potrebbero avere per la nostra salute. Il progetto è durato cinque anni e con un budget di 115 milioni di dollari.
Nel 2008 anche paesi come la Cina e la stessa Commissione Europea hanno seguito questa strada con la fondazione del Metagenomics of the Human intestinal track project, noto anche con il nome di Metahit.
La ricerca sul microbioma è ancora in una fase iniziale, tuttavia alcuni studi confermerebbero la tesi del ruolo "positivo" che i batteri esercitano nel nostro corpo: secondo una ricerca di Martin J. Blaser, direttore dei dipartimento di medicina e docente di microbiologia alla scuola di medicina della New York University, e della ricercatrice Yu Chen effettuata nel 2007 le persone che non avevano in corpo l'Helicobacter pylori, in quanto debellato dagli antibiotici, nell'infanzia sono state più soggette a forme di asma rispetto ad altre.
Dunque se questa tesi nel corso degli anni venisse rafforzata da ulteriori conferme, la medicina si troverebbe di fronte a nuove prospettive per la cura delle malattie infettive.
