La vecchia Pro Patria et Libertate, ora nota come Aurora Pro Patria, fa parte di quelle squadre diventate grandi all'alba dei tempi. La squadra di Busto Arsizio ha presenziato dodici volte nella massima serie, anche se non sempre con grandi risultati.
Già nel 1929/30 i bustocchi parteciparono alla Serie A, classificandosi dodicesimi. Dopo un nono posto ottenuto nel 1931/32 (con una grande vittoria per 2-0 contro il Milan), i biancazzurri scesero in B. Ma la massima serie non tardò a ritornare e nell'immediato dopo guerra, dopo aver vinto il campionato cadetto, la Pro Patria tornò in Serie A per cinque anni consecutivi (con un ottavo posto come miglior piazzamento di sempre).
Gli ultimi due anni furono burrascosi. Due ultimi posti di fila (con annesso ripescaggio) decretarono la fine di un'era e i tigrotti retrocedettero per sempre.
Quegli anni il nome della Pro Patria fu sulla bocca di tutti per il cosiddetto "caso Kubala": Laszlo Kubala era un giocatore fortissimo dell'epoca, un odierno "Top Player". Dopo una salvezza burrascosa, il presidente bustocco Pippo Cerana dichiarò di voler portare la propria squadra ai livelli delle grandi del campionato. Inutile dire che il progetto non andò mai in porto: Kubala arrivò da esule, ma non venne mai tesserato per problemi burocratici.
Gli anni '60 segnarono il declino dalla Serie B alla terza serie, per poi arrivare all'Interregionale nel giro di trent'anni.
Il punto più basso venne toccato nel 1992 quando i tigrotti parteciparono al campionato di Eccellenza regionale. La fortuna però è dietro l'angolo e il ritorno fra i professionisti fu imminente.
Nell'ultimo decennio la Pro Patria conduce stagioni altalenanti: tra playout e playoff, nel 2001 i biancazzurri conquistano la C1 ove vi restano fino a due anni fa quando, perdendo i playout contro il Pergocrema, i bustocchi scendono in C2.
Nelle ultime stagioni, nonostante penalizzazioni e il caso del razzismo ai danni di Boateng, la squadra varesotta si sta ora comportando bene, nel tentativo di rinverdire i fasti di un passato sempre più lontano ma mai così impossibile da raggiungere un'altra volta.