La Msc Crociere si trova nella bufera, ma non si tratta di una nave finita nel bel mezzo di una tempesta marina, bensì di uno scandalo che colpisce i vertici della società, il presidente della sede napoletana, Francesco Zuccarino e l'amministratore delegato di quella svizzera, Pierfrancesco Vago. Il gip del Tribunale di Napoli ha disposto un maxi sequestro preventivo pari a 33.3 milioni di euro, in merito a presunti reati di omessa dichiarazione dei redditi, nei confronti dell'amministratore delegato, e dichiarazione infedele dei redditi per quanto riguarda il presidente.
La somma di circa 33 milioni di euro è stata decisa in base a quella che sarebbe la totale evasione fiscale da parte dei dirigenti dell'azienda. Pierfrancesco Vago, attualmente, è amministratore delegato della Msc Crociere di Ginevra, mentre Francesco Zuccarino è il presidente del cda della Msc Crociere con sede a Napoli. Il sequestro riguarda beni immobili, partecipazioni societarie e disponibilità finanziarie. Stando a quanto affermato dal procuratore aggiunto, Fausto Zuccarelli, il sequestro avrebbe raggiungo l'ad della società di Ginevra, poiché si ritiene che ci sia un'organizzazione, tenuta nascosta da Msc Crociere S.A. che ha sede in Svizzera, e che avrebbe omesso di effettuare dichiarazioni dei redditi riguardanti l'Italia per una cifra pari a 38 milioni di euro.
Le indagini hanno fatto emergere che nell'ottobre del 2006 la Msc Crociere S.p.a di Napoli ha cambiato il proprio oggetto sociale da tour operator a intermediario di trasporti. In questo modo, ha spostato presso la società svizzera l'attività di organizzazione e vendita dei pacchetti di crociere. Nonostante ciò, però, di fatto, l'azienda con sede nel napoletano ha continuato ad occuparsi della vendita di crociere sul territorio italiano. Con questo escamotage, la società operante a Napoli ha continuato con gli stessi compiti gestionali e amministrativi del passato - nonostante il cambio dell'oggetto sociale - e nel frattempo risultava una sede di direzione, cioè una "organizzazione occulta della società svizzera", come testualmente riportato da Fausto Zuccarelli.
