La seconda stagione de Il Segreto avrà due nuovi protagonisti che saranno Maria Castaneda, la figlia di Emilia e Severiano, e Martin Castro, il figlio che Pepa ha creduto morto.
Come molti appassionati della telenovela già sanno, trascorrono circa sedici anni dalla tragica morte di Pepa e a Puente Viejo sono cambiate molte cose: Maria è diventata una splendida ragazza che è stata allevata alla villa da Donna Francisca che le vuole bene come a una vera figlia. Un giovane diacono arriva un giorno al paese ed è destinato a sconvolgere molte vite, prime fra tutte quella di Maria.
Gonzalo Valbuena, così si chiama il giovane, non è altri che Martin, il figlio di Pepa che era stato portato in America da Calvario. Qui ha intrapreso la carriera ecclesiastica e quando ritorna nel suo paese d'origine, è in procinto di prendere i voti.
Tra Maria e Gonzalo è amore a prima vista
Appena si incontrano, i due ragazzi si innamorano a prima vista l'uno dell'altro. Ma per loro le cose non sono affatto semplici: Gonzalo è indeciso tra l'amore per Dio e quello per Maria mentre la giovane è già impegnata con Fernando Mesia, il figlio del terribile Olmo.
Donna Francisca la spinge a sposare il ricco Fernando, mentre Gonzalo è quasi obbligato a prendere i voti da Don Celso, un prelato crudele che conosce diversi punti deboli del ragazzo.
Per lungo tempo la coppia si allontana e Maria finisce con l'accettare la proposta di Fernando e lo sposa.
Il drammatico matrimonio di Maria e Fernando
Il matrimonio di Maria e Fernando appare però fin da subito infelice. La figlia di Emilia non ama il marito e pensa continuamente a Gonzalo tanto da trascorrere assieme a lui delle notti di passione.
Fernando invece per ricevere soddisfazione dalla moglie, la droga e abusa ripetutamente di lei.
Gli incontri tra Maria e Martin danno però il suo frutto e la ragazza resta incinta. Anche se non è chiaro chi sia il padre (che potrebbe essere anche Fernando), il figlio di Olmo, che sa del tradimento della moglie, decide di denunciarla per adulterio.
Maria viene quindi arrestata anche se, a causa del suo stato, non finisce in carcere ma viene rinchiusa in un convento.
La seconda stagione termina proprio con Maria chiusa in convento e un disperato Gonzalo che fa di tutto per incontrarla e farle ottenere la libertà.
Riusciranno i due protagonisti a realizzare il loro sogno d'amore?
