La nona stagione di Grey's Anatomy è andata in onda, in America, dal 27 settembre 2012 al 16 maggio 2013. Composta da 24 episodi totali è teatro dell'addio all'amatissimo personaggio di Mark Sloan. Eric Dane, infatti, abbandona il cast del medical drama nel corso della seconda puntata. L'edizione 2012/2013 introduce inoltre la specializzanda Jo Wilson che diventerà un personaggio fisso a partire dalla decima stagione.
Arizona Robbins, in seguito all'amputazione della gamba, tradisce Callie Torres
La nona stagione di Grey's Anatomy porta in scene le tragiche conseguenze del disastroso incidente aereo verificatosi nel finale dell'ottava edizione.
Dopo la morte di Lexie Grey, i protagonisti sono infatti costretti ad affrontare un'altra dolorosa perdita: quella di Mark Sloan. Il chirurgo plastico, nonostante le amorevoli cure di amici e colleghi, muore 30 giorni dopo il suo arrivo al Seattle Grey lasciando la piccola Sofia orfana di padre. Nel frattempo, Callie e Arizona provano faticosamente a ricostruire la loro relazione dopo le innumerevoli liti scaturite dall'amputazione della gamba. Nonostante l'innegabile amore che lega le due donne, la Robbins non riesce a perdonare la decisione della moglie e dopo averla tradita le rinfaccia di essere l'unica responsabile della sua menomazione.
Jackson Avery diventa il capo del Grey Sloan Memorial Hospital
April Kepner e Jackson Avery, invece, decidono di porre fine alla loro relazione dopo il falso allarme di una gravidanza. Se il chirurgo plastico intraprende una dolce relazione con Stephanie Edwards, April inizia un rapporto esclusivo con Matthew. La donna, dopo aver fallito l'esame per diventare uno strutturato, torna infatti al Seattle Grace dove riceve una bizzarra proposta di matrimonio dal paramedico.
Quando tutto sembra andare per il meglio, Jackson è tuttavia vittima di un incidente. La possibilità di perdere l’amico riaccende il sentimento di April, che in lacrime chiede a Jackson una motivazione per non sposare Matthew. Proprio l'erede dell'impero Avery, inoltre, ha un ruolo fondamentale nella controversa causa intentata all'ospedale dopo il disastro aereo.
La fondazione, sotto la guida di Catherine, decide infatti di rilevare l'ospedale e affidare a Jackson il ruolo di capo. Quest'ultimo, nonostante le titubanze, accetta l'incarico salvando i colleghi e cambiando il nome al Seattle Grace. In onore di Mark e Lexie, l'ospedale viene infatti rinominato Grey Sloan Memorial Hospital.
Meredith Grey partorisce durante una tempesta
La nona stagione di Grey's Anatomy è teatro di numerose novità anche per Cristina e Owen. Dopo un breve periodo in Minnesota, la Yang torna a Seattle e intraprendere una nuova relazione con il marito. La causa legale, tuttavia, costringe il Maggiore Hunt a prendere una sofferta decisione: il primario di chirurgia, per evitare un evidente conflitto di interessi, chiede il divorzio.
La relazione tra i due, nonostante la separazione, procede con successo ma si scontra, per l'ennesima volta, con il desiderio di Owen di diventare padre. Infine, Derek Shepherd - grazie all'aiuto di Callie Torres - riesce a recuperare la piena funzionalità della mano. I problemi di salute, inoltre, rafforzano il rapporto con Meredith Grey che nel frattempo scopre di essere incinta. Proprio quest'ultima è la protagonista assoluta del finale di stagione. A circa tre settimane dal parto, la donna ha un incidente che la costringe a monitorare la gravidanza. Quando il momento del parto si avvicina, Meredith deve fare i conti con una terribile tempesta che fa saltare i generatori dell'ospedale. Il bambino nasce senza ulteriori problemi, ma la caduta provoca nella madre una forte emorragia.
E' solo grazie all'aiuto di Miranda che la protagonista si salva e decide di chiamare il figlio con il cognome del suo mentore: Bailey. La stagione si conclude con un clamoroso cliffhanger: nel tentativo di ripristinare i generatori, Richard Webber si reca nei sotterranei dell'ospedale, ma una forte scossa attraversa il corpo del chirurgo lasciandolo inerme.
