Fin dalla sua nomina Papa Francesco ha inteso "pulire" il velo di opacità che gravava sulla Banca Vaticana, facendo diventare questo obiettivo uno dei suoi principali compiti. L'Istituto per le Opere di Religione (IOR), conosciuta come la Banca del Vaticano, ha chiuso l'anno 2014 con un utile netto di 69,3 milioni di euro, con un incremento di € 66,4 milioni rispetto all'utile di € 2,86 milioni del 2013. Nei due anni l'istituto bancario vaticano, guidato ora da Papa Francesco, ha fatto registrare un utile netto di ben 86,6 milioni di euro. Un risultato sorprendente che arriva dopo una profonda ristrutturazione della Banca, partendo principalmente dal suo management.
L'aumento del profitto 2014, secondo la relazione predisposta dalla Commissione Cardinalizia (una sorta di consiglio di amministrazione, ndr), è dovuto alla "positiva e aumentata negoziazione di titoli e alla riduzione di costi operativi di natura straordinaria". Inoltre, a seguito di un'indagine interna allo IOR voluta fortemente dal Papa, sono stati scoperti centinaia di milioni di euro in alcuni conti correnti intestati a vari dipartimenti della Santa Sede, senza che questi soldi fossero stai inseriti nella contabilità di bilancio.
Papa Francesco si è trovato a dover superare molti ostacoli, non a caso erano in tanti gli oppositori interni alla Santa Sede che intendevano ostacolare il suo progetto di riforma dello IOR, ma il Pontefice è riuscito comunque a vincere questa battaglia di legalità e conseguentemente a ristrutturare l'Istituto in base alle sue determinanti decisioni.
Per prima cosa l'Istituto ha chiuso tutti i conti sospetti, cioè quelli legati al denaro che proveniva da origini sconosciute. In un documento del 31 dicembre 2014, l'istituto indicava fossero 4.614 i conti sospetti, che attualmente sono stati chiusi, ma ne restano ancora 274 in sospeso; di questi, 148 saranno chiusi prima della fine di maggio 2015 mentre i rimanenti saranno definiti entro fine anno.
Oltre ad aver operato in modo da eliminare l'immagine di corruzione e riciclaggio che ha sempre circondato l'Istituto, la Banca è riuscita persino nell'obiettivo di ridurre i suoi costi del 10% e ha adottato una nuova missione statutaria: "Fornire servizi finanziari specializzati alla Chiesa cattolica in tutto il mondo e, allo stesso tempo, aiutarla nella sua missione di pastore universale".